Akcja gry dzieje się 50 lat po wydarzeniach z Naruto Shippuuden. Nie ma już Akatsuki, a Bijuu znowu mają swoich Jinchuuriki. Większość postaci kanonicznych nie żyje, a te, które pozostały, wyjechały gdzieś daleko, więc nigdzie ich nie spotkamy. W samym świecie technologii nic się nie zmieniło. Tylko czekać, aż znowu powstanie organizacja, która dokończy dzieło Akatsuki.